全自動殺魚機和雙桶殺魚機比較，全自動殺魚機的構造比較復雜，需增加自動化程序控制元器件。由于給水和排水自動完成，故給水排水系統要安裝自動閥門及水位自動探測控制等。又由于殺魚各工序轉速要自動按程序轉換，所以電機及其傳動部件構造比較復雜。在減震方面也有一些要求。因而，總的造價比雙桶式殺魚機要高.此外，由于全自動殺魚機一切工序自動進行，殺魚刀只能用一次，殺魚用水用電較多，而雙桶殺魚機殺魚刀可以重復使用，如先殺小魚，然后再殺大魚等.全自動殺魚機和雙桶殺魚機相比，全自動殺魚機使用費用較高.所以，目前只被少數采用。